判定要素について
判定要素はgoogleとyahooどちらも、大きく分けて3つあると考えています。内的要因、外的要因、知名度的要因の3つです。
内的要因はソースであったり、サイト構成のことを指す判定要因のことです。
外的要因は、ほぼ外部リンクに集約されるような感じになりそうなのですが、その他アクセス数などなども含めた判定要因です。
知名度的要因は、検索エンジン側の人手が入ったり、また、特別な指数を越すような現象があった時に適応される判定要因として考えています。
そもそも、検索エンジンの順位に人手は入れていない、ということを言っておきながらペナルティを発動させてるくらいなので、考え方によっては手が入っていないわけではないのです。
そして、それくらいの管理インフラが整っていることを考えると、ある程度の操作は出来ることは容易に想像できることだと思います。
エラーページ
自ドメイン内に、外部からリンクされているにも関わらず、404エラーページになっているURLはないでしょうか。外部からリンクされているページが存在しない場合、検索エンジンがそのドメインやドメイン内の他のページに対してプラスに評価することは通常ありません。
例えばEC系サイトでは商品の生産中止や人材系サイトであれば案件、不動産系サイトであれば物件が無くなればページが無くなる、などサイトの仕組み上ページが無くなり、404エラーページを返すことはよくある事象です。
これに対する対処としては、ページは削除せずそのままに関連したページへの誘導リンクを載せておくことや、似たようなページへ301リダイレクトする、など考えられます。
これはページだけでなく、ドメインでも同じことが言えます。
例えばmixi.com(株式会社ミクシィの所有ドメイン)への外部リンクを調べてみると2,400ものリンクが存在します(2008年12月26日現在)。
もちろんミクシィの正しいドメインはmixi.jpです。mixi.comへアクセスしてもエラーが返されるだけなので、この2,400のリンクはSEOの観点から言うと現状ムダになっています。